Прошло тридцать два года после первой победы над захватчиками. A.E.G.I.S. практически исчезла, превратившись в подпольную группу, в которой осталось лишь несколько Хранителей Врат, продолжающих спасать человечество. Среди них выделяется Аянэ Исудзу: она устала от общества в целом, но продолжает громить Захватчиков, делая это назло своему отцу. Внезапно ей становится известно о возрождении Машинного генерала — Сегуна Кикаи — и графа Дьявола, Акума Хакушаку; к ним присоединяется таинственная девушка-призрак. Ее появление меняет расстановку сил: теперь их сопровождает загадочная призрак-девушка, и путь усложняется. Аянэ и оставшиеся в A.E.G.I.S. вынуждены действовать из подполья, чтобы остановить их планы и снова спасти человечество. Время поджимает: от действий героев зависит будущее мира и шанс на мирное существование планеты.
