Этот сборник анимационных эпизодов 2003 года под названием Аниматрица представляет собой единое произведение, где границы между реальностью и Матрицей расплавляются в разных оттенках стиля и жанра. В начале команда научно-исследовательского корабля Осирис неожиданно обнаруживает наступление инопланетной армии; пока один из их членов проникает в виртуальный мир, чтобы предупредить о грядущем кризисе, остальные отчаянно держат оборону, чтобы дать ему шанс сообщить правду. В следующей части исследуется попытка людей создать совершенный искусственный интеллект, способный превзойти человека, однако конфликты между машинами и людьми перерастают в войну: небеса закрыты тучами, чтобы лишить роботов питания, но они находят альтернативу — людей как источник энергии, и человечество проигрывает, становясь живыми батареями в Матрице. Далее adolescence переворачивает реальность с ног на голову: подросток просыпается после крайне реалистичного сна и осознаёт, что окружающий мир — лишь матрица, а истинная реальность — то, что он видел во сне; за вступившим в борьбу следом по пятам идут люди в одинаковых костюмах и неумолимые агенты, пока Нео не приходит на помощь. В другом эпизоде героиня Сис оказывается внутри симуляции, стилизованной под средневековую Японию, где её путь лежит через абстрактные испытания и кибернетические иллюзии. История World Record рассказывает о спортсмене, который накануне важного забега перенапрягается и получает травму, но продолжает борьбу, пока агенты пытаются поймать его внутри Матрицы. Этот герой, Дэн, просыпается в капсуле и добирается до финиша в реальности, но травма делает его инвалидом; однако он решает продолжать путь к свободе и победе над системой. В пятый рассказ — Beyond — девушка ищет пропавшую кошку и заходит в дом, где гравитация искажена, а пространство меняется, и Матрица посылает зачистной отряд. Детективная история начинается на поезде, где частный сыщик Эш расследует таинственного хакера Тринити; происходят хитросплетения между агентами и героями, и выбор Эша углубляет понимание происходящего — он осознаёт, что сам может стать частью сопротивления. Завершающий эпизод под названием Матрицифицированный переносит зрителя в дальнее будущее, где война между людьми и машинами эволюционирует в необычную связь: робот-модель Run-нер оказывается одним из первых подключённых к Матрице существ и становится свидетелем того, как машины ищут синтез реальности и искусственного разума.