В забытом краю региона Джото лидер загадочной группы под названием «R» по имени Сакаки вновь обнаруживает Мьюту, который сумел уйти от преследования и прячетcя от глаз окружающих. Его замысел прост и жесток: повторно схватить могущественного существа и использовать в качестве приманки собственных копий покемонов, созданных наукой из ДНК Мьюту, чтобы заманить любого, кто осмелеет помешать планам организации. В это время юный тренер Сатоши и его верные товарищи неожиданно попадают в плен к новому участнику бандитской группы — Домино, чьи методы ещё более беспощадны. Начинается ожесточённая схватка за жизнь и свободу, в ходе которой Мьюту вынужден столкнуться с суровой реальностью мира, где искусственные создания задаются вопросами собственного предназначения. Постепенно он начинает осознавать, что существование покемонов, рожденных в лабораториях, может иметь нечто большее, чем просто служение науке. Но сможет ли он найти ответ на главный вопрос: имеет ли право искусственно созданная жизнь на своё собственное предназначение и смысл существования?
