После того как земные враги были повержены, капитан Харлок покинул свою команду и пустился в безграничные просторы космоса наедине с собой. Но покой оказался недолгим: на горизонте появился новый, подлинно грозный противник, с которым Харлок не справится в одиночку. Во время археологической экспедиции профессор Даиба непреднамеренно пробуждает зловещую расу, известную как «ну», чьё правление вселенной страхом было могуществом еще до появления человечества. Спустя пять лет после той миссии древнее зло снова набрало силу и, намереваясь вернуть мир в исконный хаос, начинает реализовывать свой коварный план. Космический пират вновь собирает свою верную бригаду: вернувшихся соратников Кей Юки, доктора Зеро и первого помощника Яттарана, а также ребенка профессора, Тадаси Дайбу, сталшим членом экипажа Аркадии. Вместе они отправляются навстречу таинственному врагу, чтобы снова защитить Землю от надвигающейся угрозы.
