Последняя фантазия: Духи внутри

События разворачиваются в ближнем будущем. После падения метеорита на Землю начинают происходить загадочные смерти. Со временем становится ясно, что за ними стоят Фантомы — некие сущности, чьи души погибших существ они вроде бы и есть, а родная планета их уничтожена, и фрагмент их мироздания блуждает по космосу, занёсшийся на Землю. Контакт с Фантомами приводит к мгновенной гибели людей. Но на планете ещё существуют города и поселения, окружённые энергетическими барьерами, которые держат натиск фантомов — здесь люди выживают и ведут борьбу за выживание человечества. Судьба мира оказывается в руках небольшой группы смельчаков — учёной Аки Росс, доктора Сида [シド博士] и капитана техноспецназа Эдвардса [グレイ・エドワーズ]. В сюжете постоянно разворачивается противостояние учёных и военных в вопросе способов уничтожения Фантомов и победы в войне за планету.