Последняя фантазия: Духи внутри

События разворачиваются в ближайшем будущем, после того как на Землю упал метеорит и началась цепь загадочных смертей. Учёные выясняют, что причина кроется в Фантомах — духах существ из чуждой цивилизации, чья родная планета была уничтожена, и чьё осколочное ядро случайно попало на Землю. Контакт с Фантомами лишает жизни любого, к кому они прикоснются. Тем не менее на планете остаются города и анклавы, окружённые энергетическими барьерами, которые способны противостоять Фантомам и дают людям шанс на выживание. Судьба всего мира висит на узком круге смельчаков — амбициозной учёной Аки Росс, докторе Сиде и капитане техническо-спасного подразделения Эдвардсе. В ходе сюжета разворачивается длительное противостояние между учёными и военными по поводу наилучшего метода уничтожения Фантомов и победы в войне за планету.