После Второго удара Япония превратилась в почти руины, а единственным крупным городом стал Токио-3, который постоянно держат в напряжении атаки гигантских существ — Ангелов, стремящихся уничтожить человечество. Это небо и улицы стали ареной бесконечных стычек, в которых решается судьба мира. Синдзи Икари, которого не видел в течение трёх лет отца, получает тревожный телефонный звонок с требованием немедленно явиться в штаб-квартиру Nerv — организации, стоящей на страже против Ангелов. Чтобы противостоять угрозе, Nerv применяет огромные боевые машины, способные взаимодействовать с человеком на глубоком уровне — Евангелионы. Именно Синдзи предстоит взяться за управление Евой-01 и работать в тесном тандеме с пилотом Евы-00 — Рей Аянами. Так начинается его путь в мир, где каждый новый шаг поднимает завесу над тайной врагов и ставит под сомнение привычные понятия о страхе, долге и чести.
