События сериала разворачиваются в Академия-Сити — городе с передовыми технологиями, расположенном к западу от Токио, где изучают людей с особыми способностями, известных как эсперы. Но в этом мире нашлось место и магии. Главный герой, учащийся Академия-Сити по имени Тома Камидзё, обладает уникальной правой рукой, которую называют «разрушитель воображения». Прикосновение этой руки лишает любой магии или способности эсперов силы, а порой даже лишает удачи самого Тома. Однажды на балконных перилах он обнаруживает девушку в монашеском одеянии. Её зовут Индекс — монахиня из секретного подразделения Несессариуса Церкви Англии. В её сознании сосредоточено 103000 запрещённых церковью книг. Эта встреча и непредсказуемая сила его руки втягивают Тому в центр конфликта между магами и эсперами, где каждый шаг может стать судьбоносным.
