Юный Дзиро обнаруживает, что в его доме погибли мать и сестра. Ложно обвинённый в преступлении, он вынужден бежать из родной деревни и встречает загадочного священника по имени Тэнкай, который ставит перед ним жестокое испытание: заставляет убить отступника-ниндзя по имени Тародза. Выполнив этот приказ, Дзиро погружается в суровую школу убийств и спустя годы становится мастером смертельного искусства. Но истина вскоре переворачивает всё: Дзиро выясняет, что он сирота, а его настоящий отец был именно Тародза, когда-то служивший Тэнкаю и утвердившийся в миссии, пока не влюбился в женщину из народа айнов. Юный ниндзя понимает, что сёгунат ищет утраченное сокровище Капитана Кидда и намеревается использовать его, чтобы снова отделить Японию от остального мира. Вопреки скрытым подсказкам, тщательно сохранённым Тародзой, Дзиро вместе с юной ниндзя Оюки и рабом по имени Сэм отправляются в Россию и Америку в поисках артефакта, надеясь с его помощью отомстить Тэнкаю.
