Действие разворачивается в январе 2118 года: Аканэ Цунэмори, исполняющая обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает сообщение об инциденте на иностранном судне. Вместе с Ацуси Синдо, руководителем отдела статистики Минздрава и социального обеспечения, они стремительно направляются к месту происшествия. По неизвестной причине расследование передают в Исполнительный отдел бюро по координации действий за рубежом при Министерстве иностранных дел, что добавляет политическую и дипломатическую сложность делу. На корабле обнаружена погибшая доктор Милиция Стронская, которую Ацуси звал на встречу в качестве гостя. За инцидентом скрывается загадочная организация «Нарушители мира», которую Исполнительный отдел давно держал в поле зрения. Первый отдел департамента уголовного розыска устанавливает, что «Нарушители мира» нацелились на исследование так называемого «Документа Стронской», и эта затея приводит к созданию совместной группы для расследования с Департаментом поведенческих расследований. В команду входят Шинью Когами, бывший беглец из Бюро общественной безопасности, и Дзёдзи Саиги — последняя личность, которая поддерживала связь с доктором Стронской. Их стремительный выезд в Дэдзиму за документом сопровождается неожиданным развитием дела, затрагивающим судьбоносный документ Стронской. Скрытая истина, способная повернуть ход событий в японском правительстве и системе «Сибилла», вскоре выходит на свет. Это не просто отдельная история — она становится связующим звеном между «Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства» и «Психо-Пасс 3», раскрывая новую грань вселенной.