Действие разворачивается в январе 2118 года: Акане Цунэмори, занявшая должность главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает сообщение об инциденте на иностранном судне. В паре с Ацуси Синдо, руководителем отдела статистики Минздрава и социального обеспечения, она устремляется к месту события, но по неизвестным причинам расследование передается Исполнительному отделу бюро координации действий за рубежом при Министерстве иностранных дел. На борту судна обнаруживают погибшей доктора Милицию Стронскую, которую Ацуси пригласил в качестве гостя на встречу. За происшествием стоит таинственная организация "Нарушители мира", которую Исполнительный отдел преследовал длительное время. Первый отдел уголовного розыска выясняет, что инцидент затрагивает интересы "Нарушителей мира", нацелившихся на исследовательницу Стронскую и её работы над так называемым "Документом Стронской", и формирует совместную группу с Департаментом поведенческих расследований. В состав команды входят Шинью Когами, бывший беглец из Бюро, и они идут навстречу совместному расследованию. При помощи Дзёдзи Сайги, последнего, кто поддерживал контакт с доктором Стронской, группу отправляют в Дэдзиму за архивным документом. Акане и Когами сталкиваются с неожиданно крупным делом, связанным с самим "Документом Стронской". Скрытая истина, способная пошатнуть доверие к японскому правительству и системе Сибиллы, впервые выходит на свет. Это нерассказанная история — мост между двумя частями франшизы: Психопаспорт: Грешники системы — За пределами царства и Психо-Пасс 3.