Исчезновение Харухи Судзумии

Приближается середина декабря, и глава бригады SOS Харухи Судзумии объявляет, что Рождество они проведут в комнате клуба за рождественским ужином. Остальные участники команды начинают приготовление: подготавливают меню, украшают помещение, репетируют мелочи, чтобы праздник прошёл идеально. Спустя несколько дней по дороге в школу Кёон начинает замечать странности: разговор с Танигути не складывается, тот внезапно заболел и почти не помнит вчерашний разговор. В классе Харухи нет, а Рёко Асакура ожила и занимает её место, разговаривая с Кёоном так, будто никаких перемен не произошло. Микуру Асахина не узнаёт его, а Нагато — обычная на вид девушка и единственный член литературного кружка. Ни бригада SOS, ни Харухи в этой школе не существовало. Мир вокруг начинает рушиться на глазах, заставляя Кёона сомневаться в собственной памяти и искать ответ на вопрос, что же случилось с их обычной жизнью и зачем всё изменилось.