Действие разворачивается в 2027 году, спустя год после завершения войны без применения ядерного арсенала. Нью-Порт-Сити постепенно восстанавливается, когда город неожиданно попадает под бойкую волну атак автономных мин, выходящих из строя лишь по своей программе. В ходе расследования выясняется, что упал военный чиновник, замешанный в схемах взяток и торговле оружием, и его смерть ставит под сомнение многие версии произошедшего. На фоне этих событий начальник отдела общественной безопасности, Дайсукэ Арамаки, вынужден пересечься с Мотоко Кусанаги, только что назначенной в 501-й секретный отдел. Бато подозревает, что именно Кусанаги может быть причастна к недавним инцидентам, ведь она пережила бомбардировку без каких-либо повреждений. Между тем детектив префектуры Ниихама, Тогуса, пытается распутать два связанные между собой убийства в регионе. Однако Мотоко находится под постоянным контролем руководителя 501-го отдела — Куруцу — и группой киберов-агентов, что добавляет в её дело ещё большее напряжение и слежку.
