Аниматрица — это сборник девяти анимационных историй 2003 года, раскрывающих вселенную Матрицы с разных сторон: от героических квестов и философских раздумий до напряжённых pursuit и загадочных сновидений. В одном из эпизодов команда исследовательского корабля Осирис обнаруживает наступление вторжения; пока один член команды пытается добраться до людей в Матрице и передать предупреждение, товарищи держат оборону против свирепых стражевых роботов. Дальше идёт развертывание конфликта между людьми и машинами: люди стремятся воспеть идеального ИИ, но противостояние перерастает в войну. Когда машины усиливают своё положение, они используют чужую энергию — людей — превращая их в «живые батарейки» и ловко заманивая в эту виртуальную реальность. В другой ленте подросток просыпается после слишком реального сна и впервые осознаёт, что всё вокруг — часть Матрицы; его преследуют одинаково одетые люди, и выручку ему даёт помощь Нео. В эпизоде, где героиня Сис оживает внутри симуляции, сюжет разворачивается в стилизованной под средневековую Японию обстановке. В «Мировом рекорде» спортсмен на пике соревнований травмируется, но продолжает бежать — пока агенты, вселившиеся в других участников, пытаются его догнать, сам герой мечется между двумя реальностями и в итоге оказывается перед выбором, который изменит судьбу. Другие истории развивают идею «за пределами» — девушка с поиском пропавшей кошки попадает в дом, где гравитация искажена, и где матрица зовёт на охоту; в детективной истории на поезде частный сыщик Эш оказывается на грани разгадки таинственных хакеров и встреч с агентами, которые стремятся разрушить его связь с Тринити. В конце сюжетной ленты герой-«Посвящённый» — робот, подключённый к Матрице, — на фоне войны между людьми и машинами ставит под сомнение природу реальности и своё место в ней.