Действие аниме, вышедшего в 2012 году, разворачивается после завершения турнира «Священный Путь», который состоялся в предыдущем сезоне. Главный герой Тэнма Мацукадзе возвращается в школу Раймон, однако привычная атмосфера исчезла: одноклассники и весь состав футбольной команды разошлись по своим делам, и на поле снова не слышится рёв мячей и удачных передач. В неожиданной встрече с Альфой, капитаном команды «Протокол Омега», Тэнма понимает, что попал в параллельный мир, где Альфа участвует в секретном проекте по уничтожению футбола в будущем. Чтобы поддержать Тэнму в его приключениях, старый фургон команды, служивший им в прошлой части, подвергается грандиозному обновлению — он превращается в летающую машину времени, поднимая героев над старыми и новыми опасностями. В этом новом мире Тэнма сталкивается с испытаниями дружбы, предательства и выбора между временем и страстью к футболу, и ему предстоит найти ответы, чтобы вернуть игру к жизни и снова подарить надежду товарищам по Раймон.
