Злобный Мегатрон приводит на Землю армию Десилицинов, чтобы ограбить планету и добыть её колоссальные энергетические ресурсы, питающие войну против автоботов. При удаче десилицины смогут переломить исход противостояния, лишить автоботов шанса и начать полное завоевание Вселенной. В их плане предусмотрено похищение учёного — доктора Юки Ониши, ведущего специалиста Земли в области энергетики и природных ресурсов. Со связью с сыном учёного — Кодзи — к ним обращается Оптимус Прайм, который забирает мальчика и отправляет его в миссию по спасению отца. Несмотря на отважные усилия автоботов, им не удаётся вырвать доктора из лап захватчиков. Теперь именно автоботам и Кодзи предстоит преодолеть опасности и вернуть Доктора Ониши, защитив Землю и её богатства от Мегатрона и его армии.
