Три года минули с той поры, как избранные сумели вернуть цифровой мир от сил зла и вернуть миру мир. Подросли дети, память о прежних битвах стала расплываться в воспоминаниях, будто их и не было вовсе. Однако на горизонте снова вспыхнули искры героизма: в новых реалиях Digimon снова требуют защитников, ведь появился новый враг — Император Дигимонов, чьи планы унижают и порабощают самих дигимонов. Ради спасения непростой судьбы мира на сцену вышли три новоявленных героя — Дайсукэ Мотомия, Иори Хида и Мияко Иноуэ. Каждый из них обрел собственный дигивайс и непохожих друг на друга дигимонов, и вот они отправляются в первое испытание, чтобы доказать себе и окружающим, что достойны нести свет в цифровую эру. Их путешествие обещает новые знакомства, трудности и уроки дружбы, а враг — ухмыляясь из теней — уже готовит удары.
