События разворачиваются через два месяца после инцидента на подводной лодке Tuatha De Danann, завершившего первый сезон. Группа Мифрил выходит на след таинственной организации, владеющей технологией, позволяющей взламывать ECS — систему электронных замков. Эта сила действует под названием Амальгама и помимо прочего хранит темную технологию, приобретенную от загадочного источника, известного как Виспер, статус которого близок к тому, что можно увидеть у Канаме Тидори. Как и другие секретные ведомства, Амальгама не намерена останавливаться на достигнутом. Когда миссия по защите Тидори, порученная Сосукэ Сагаре, оказывается отменена Мифрилом, план Амальгамы постепенно складывается во всю необходимую схему, подготавливая почву для реализации своих замыслов. В этой обстановке, где наука, шпионаж и боевые технологии переплетаются, герой вынужден вновь вступать в игру и распутывать сеть интриг вокруг могущественной организации и ее дерзких замыслов.
