Продолжение истории о юноше эпохи Бакумацу повествует о Синсаку Такасуги и его верном спутнике Когоро Кацуре, которые вновь оказываются на фоне альтернативной Японии, созданной причинами таинственных сил Мугэнсая. Герои постепенно распутывают запутанную сеть временных парадоксов и мечтают вернуться в свой век. Однако на их пути появляется новая преграда: когда-то уничтоженный хронометр начинает обладать собственной волей и безошибочно восстанавливается. Возникает вопрос: зачем он восстанавливается и можно ли во всем довериться? Ответ оказывается сложнее, чем кажется: процесс возрождения идёт через опасные трещины во времени, через которые в наш мир проникают фрагменты из иных миров, нанося существенный вред реальности. Вдобавок к этому на горизонте появляется таинственный законный преемник Мугэнсая, чье приближение сулит новые угрозы и неопределённые планы, заставляющие героев переосмыслить свои намерения и стойко держаться в борьбе за собственное возвращение.
