В двадцать втором веке человечество сталкивается с внезапной космической угрозой: рептилианские захватчики с дальнего Юпитера вторгаются в мир людей. Спустя год после разрушительного удара над марсианской колонией Акито 天河 明人 чудом остаётся живым и оказывается на Земле без ясного воспоминания о том, как сюда попал. Он зарабатывает поварской работой, пытаясь собрать фрагменты прошлого и понять, что произошло и зачем. Всё меняется после случайной встречи с его детской подругой Юрикой 御統 ユリカ, которая оказывается капитаном новейшего корабля «Надэсико», построенного частной корпорацией «Нершгал» ради поиска выхода из кризиса. Следуя за ней, Акито присоединяется к экипажу, состоящему из людей и необычных личностей, — настоящих чудаков, но востребованных в этом опасном мире. Их путь прорывается вперёд к Марсу, где, возможно, откроется тайна смерти родителей Акито и ответ на многие вопросы.
