В разгар противостояния между натуралами (OMNI) и координаторами (ZAFT) разворачивается история молодого пилота-координатора, которому поручено добыть недавно созданный Земным альянсом мобильный доспех, находящийся в колонии натуралов — Гелиополисе. Кира Ямато, студент технического колледжа на Гелиополисе, оказывается втянут в вихрь событий: когда ZAFT силой вырывает четыре из пяти доспехов, остаётся лишь один — Strike. Чтобы выжить и спасти друзей, ему приходится сесть за пилотирование этой боевой машины. В суматохе он встречает друга детства Асурана Залу, который по стечению обстоятельств служит в ZAFT и был одним из налётчиков на Гелиополис. Управляя Strike, Кира присоединяется к Земному альянсу на борту корабля Архангел и надеется защитить близких, хотя в душе продолжает бороться с тяжёлым горем: ему предстоит сразиться с давним товарищем и с теми, кто когда‑то был рядом.
