Два года минули после окончания кровопролитной схватки между ЭAF и Координаторами. Кажется, мир наконец нашёл покой, но этот покой шаток и любую сторону может подвести. Чтобы снова сорвать нити равновесия, группа Координаторов отправляет на Землю колонию Юниус 7, рассчитывая, что её падение обрушит почти всё население планеты. В ходе борьбы силы ZAFT уничтожают колонию, но осколки её обломков наносят планете огромный ущерб и зажигают новый виток войны. Главные герои вынуждены снова взять оружие, чтобы защитить мир, к которому привязаны душами и сердцами, и предотвратить катастрофу. Их путь вновь полон опасностей, хитрости противников и испытаний дружбы, но они держатся вместе в надежде на будущее, в котором земляне смогут жить без страха перед повторением войны.
