В 2012 году в Японию вторглись таинственные Мю — гуманоидоподобные существа с необычной голубой кровью, пришедшие из другого измерения. К 2015 году их присутствие перерастает в кризис: Токио подвергается нападению, но силы обороны удаётся отстоять благодаря загадочному оружию под названием «долем». В этой суматохе Аято Камина встречает одноклассницу Рэйку Мисиму. В тот же день над городом нависает давление властей, но на помощь приходит женщина Харука Сито, заявляющая, что действует по приказу организации «TERRA». Она объясняет, что Токио запечатан во временном разрыве, где время идёт примерно в три раза медленнее обычного. Он прячется от агентов и, спрятавшись, запрыгивает на поезд, где снова встречает Рэйку. Достигнув Зала Ра, Аято идёт за ней к огромному яйцу, из которого появился долем Ра-Зефон (RahXephon). Неожиданно на вершине монструозного долема появляется мать Аято и пытается остановить вторжение «TERRA». В схватке она получает рану, и, увидев её голубую кровь, Аято вместе с Харукой спешат уйти прочь.
