После длительной и изматывающей войны между человечеством и разумными машинами — механоидной расой — баланс сил радикально изменился: власть машин расползлась по галактике, Земля едва держится под их давлением. Зеро, некогда адмирал флота во времена Великой Галактической войны, теперь занимает должность капитана буксирного судна и, несмотря на личную трагедию — утрату близких на войне — продолжает безупречно хранить Землю. Во время одного задания корабль Зеро попадает под мощную атаку загадочного пиратского флота, получившего прозвище «Тень смерти», и он вступает в бой, который, к сожалению, заканчивается поражением. Позднее командование поручает ему ещё одну миссию: выследить и захватить легендарного пирата, капитана Харлока, чьё имя вселяет страх по всей вселенной и, как выясняется, именно он и был тем самым напавшим. Теперь под знаменем Независимого Флота, вместе с прежним линкором «Кария» и командой, состоящей как из механоидов, так и людей, Зеро должен прочесать всю Вселенную в поисках следов Харлока.
