Человечество стоит на грани выживания из‑за вторжения Зентреди: целые флоты колонизационных кораблей устремлены в космос с целью закрепить будущее цивилизации. В одном из таких флотов под названием Макрос Фронтир судьба обычного старшеклассника Саотомэ Альто кардинально меняется: во время его выступления на концерте самой популярной певицы Шерил Ноум внезапно начинается атака загадочных существ. Чужаки сеют разрушение и хаос, и Альто, чтобы защитить Ранку Ли — девушку, с которой он познакомился всего несколько часов назад, — вынужден занять место погибшего пилота в кабине новейшего боевого юнита. Его смелый поступок не остаётся незамеченным: частная военная компания S.M.S. Skull Squadron приглашает его в свои ряды. Так Альто становится частью экипажа и продолжает охранять не только друзей, но и сам Макрос Фронтир — став частью бесконечной борьбы за будущее человечества.
