Прошло несколько лет после событий The Fruit of Grisaia, и мир вокруг бывшей Академии Михама заметно изменился. К 2025 году тихое убежище превратилось в секретную структуру под названием SORD — Специальная организация исследований и разработок, созданную для подготовки кадров на нужды государственной обороны. В её составе выделяются Рэна Фуками и Маки Инохара — специалисты по огнестрельному оружию, умеющие быстро и точно работать с любым вооружением; Тока Шишигая и Гуми — мастерицы снайперской подготовки, чьи выстрелы редко промахиваются; Крис — ответственный за взрывчатку и обработку разведданных; а Мурасаки Икома — искусная ниндзя, ведущая стойкую разведку и скрытые операции. Вместе они берутся за задания, которые выходят за рамки возможностей полиции или обычных сил обороны: дипломатические манёвры сплетаются с инженерными трюками, а риск становится постоянным спутником. Это история юных героинь, вылепленная порохом и кровью, где каждый шаг может стать последним, но каждый из них держится ради выживания и справедливости.
