Действие аниме разворачивается во времена Эдо, когда Япония расколота на кланы и интриги подпитываются таинственными соглашениями. Ниндзя по имени Камуи принимает рискованное решение уйти из своего клана, и это решение мгновенно ставит его вне закона в глазах бывших товарищей, которые считают его предателем и требуют расправы. Находясь в постоянном бегстве, Камуи вынужден непрерывно перемещаться по стране, прятаться в тенях городов и лесов, опираясь на всю выучку и хитрость, чтобы выжить. Ему приходится полагаться на точность движений, холодную логику и умение предугадывать шаги врага, чтобы не попасть в ловушку преследователей. Постепенно, под огнем коварных убийц, Камуи лишается веры к людям; он всё чаще сомневается во всех встречных, убеждается, что каждый незнакомец может быть смертельной угрозой, и внутренний голос паранойи становится всё громче. Так за каждым поворотом дороги разворачивается борьба за безопасность и собственное существование.
