В 2025 году аниме Маленький гражданин 2 разворачивает историю Дзёгоро Кобато и Юки Осанай, двоих старшеклассников, чьи отношения, изначально складывавшиеся на взаимной выгоде, распались. Юки начинает встречаться с Такахико Урино — учеником первого курса и активным участником кружка журналистики, мечтающим прославиться благодаря сенсационным материалам о внезапной волне поджогов, что охватила город. В это же время Дзёгоро начинает строить отношения с одноклассницей Токико Накамарой, пытаясь вернуть себе ощущение простой и спокойной жизни. Но счастье оказывается хрупким: едва он начинает наслаждаться обычными радостями, как на берегу реки появляется пожар, и он вынужден пересмотреть свои взгляды на ответственность и опасность, скрывающиеся в городе. В дальнейшем герою предстоит пройти через цепь загадочных событий, где дружба, любовь и долг сталкиваются с тенями прошлого и тревожными тайнами, которые грозят перевести ночную жизнь города в хаос.
