История сосредоточена на старшекласснике Казуки Муто, который однажды ночью рискует жизнью, защищая незнакомку от загадочного существа, и в результате погибает. Но вскоре он просыпается у себя в постели и убеждается, что это не сон. Реальность же оказывается куда жестче: гигантское существо, похожее на змею, нападает на Казуки и его сестру. Девушку, которую он успел спасти, Токико Цумура объясняет, что монстр — гомункул, порождение темной алхимии. Спасая её, Муто погибает от его атаки, однако Токико, испытывая чувство вины, возвращает его к жизни, вложив в его грудь магический медальон — какуганэ, призванный заменить сердце. Какуганэ — алхимическое устройство, активировавшись, принимает облик, зависящий от носителя, формируя уникальную Бусо Рэнкин — боевую алхимию. С помощью какуганэ Казуки создаёт свою Бусо Рэнкин — «Сердце солнечного света», внушительное копьё. Вместе с Токико, владеющей Бусо Рэнкин под названием «Юбка Валькирии» — смертоносная коса, они вступают в противостояние против гомункулов и их хозяина.
