Главной героиней этой истории является девушка по имени Медака Куроками [Medaka Kurokami], самая сильная ученица академии Хаконива и бессменный лидер студенческого совета. Под её руководством действует необычный «ящик для предложений»: любой учащийся может оставить просьбу о помощи в любое время — круглосуточно, без выходных и праздников. Вместе с верными товарищами из совета — Зэнкити Хитойоси, Коки Акунэ и Могана Кикайдзима — Медака бросается на решение самых разношерстных задач, неважно, идут ли речи о загадках сверхъестественного или о банальных любовных переживаниях школьников. Однако история не стоит на месте: на сцену выходят новые персонажи и появляются новые противники. Таинственная организация «План Икс» вступает в игру и посылает одного из своих агентов — лидера Комитета общественной нравственности Мёри Унзэн — чтобы противостоять Мэдаке. Параллельно мучает её и другая тревога: председатель Хакама Ширануй продолжает пытаться взять под контроль как саму Медаку, так и учеников класса 13, создавая дополнительное напряжение и угрозу для дружной школьной общины.
