Год 2201. После победы над Императором Зордаром и Империей Кометы Ямато возвращается на Землю для ремонта и восстановления после долгого похода. Командиру Сусуму Кодай и его экипажу предстоит отдать дань павшим товарищам и подобрать новых членов команды, чтобы сохранить боевые качества корабля. Новичкам предстоит пройти суровую школу подготовки и заслужить доверие старших, иначе они окажутся не готовы к грядущим схваткам. Но передышка оказывается недолгой: Ямато вновь отправляется в дальний поход. Вернувшись к своей родной планете Гамилус с останками флота, Деслер обнаруживает здесь незваных захватчиков. Империя Темной Туманности стремится присоединить Гамилус и Искандар к своим владениям, ведь их недра богаты ценными минералами. Сусуму Кодай и Деслер, ранее заклятые враги, вынуждены забыть вражду и объединиться ради противостояния новой угрозы. Вместе они сталкиваются с растущей силой, способной перевернуть баланс в галактике, и эта борьба становится настоящим испытанием на мужество и верность.
