В 2199 году агрессивная раса Империи Гамилус во главе с лордом Деслером решает покорить Землю. Их мир пропитан радиацией, поэтому они обстреливают планету радиоактивными астероидами, превращая поверхность в непригодное место для жизни и вынуждая людей прятаться под землёй. Однако даже подземная часть цивилизации не спасена: радиация истощает города и колонии. Тем временем на Марсе терпит крушение чужой космический корабль. На его борту Сусуму Кодай и Дайсукэ Сима находят погибшую девушку, при ней остаётся послание правительницы планеты Искандер. В расшифровке говорится, что Искандер готов помочь людям в борьбе с опасностью и приглашает их на свою родную планету, уверяя, что там существует устройство, которое способно очистить поверхность Земли от радиации. К письму приложена инструкция по созданию мощного межзвёздного двигателя. Поиск приводит к найденному затонувшему во Второй мировой войне кораблю Ямато; экипаж под руководством капитана Дзюдзо Окиты восстанавливает его и отправляется навстречу Искандеру. Но у человечества остаётся ровно год, чтобы успеть спасти цивилизацию.
