Это третий фильм из тетралогии и, в отличие от первых двух картин, не повторяет сюжет сериала. После того как Мадока перестроила Вселенную, Хомура живёт в мире, где ведьмы больше не возникают. Однако человеческое отчаяние продолжает находить выражение в существах, известных как призраки, с которыми ведут борьбу юные волшебницы. Хомура по-прежнему несёт тяжесть одиночества после расставания с Мадокой. В картине появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ; её появление добавляет новые мотивы и угрозы в уже сложившуюся динамику. Фильм исследует последствия перемен, а также личные мотивы героинь, превращая боевые сцены в эмоциональные столкновения. Зритель видит, как прошлые решения Мадоки и Хомуры влияют на настоящее и формируют будущее этого мира. По мере развития сюжета героини сталкиваются с новыми дилеммами и находят новые связи, которые могут изменить их судьбы и баланс сил вокруг них.
