Сюжет Fate/Zero разворачивается за целых десять лет до тех событий, что происходят в Fate/Stay Night. Война за Святой Грааль — жестокая схватка между семью магами за силу, способную сотворить чудо и исполнить любое желание владельца. По сути, борьба ведётся через призыв великих духов-героев, чьи подвиги становятся ключами к победе. Три прошлые схватки так и не привели к окончательному итогу, поэтому здесь речь идёт о Четвёртой войне и всех её грядущих последствиях. Маги, объединившие волю к победе, устремляются в зону конфликта — разрушенный город Фуюки — в поисках решающей цели. Среди участников выделяется одиночка Кирэй Котоминэ, человек, который не может найти смысл в бесконечной дуэли и не до конца понимает, зачем всё это нужно. В то же время одна из древних семей-основателей, Эйнцберн, после трёх безуспешных попыток заполучить Грааль принимает решение идти до конца любой ценой и берет в союз Кирицугу Эмия — мага, к которому общество относится с презрением за холодность и безжалостность. Эмия когда-то хотел стать героем, который спасает всех, но понял, что спасение одного часто достигается за счёт жизни другого. Тогда он выбирает роль огня и меча ради человечества, становясь угрозой для всего мира. Ему приходится балансировать между любовью к жене и дочери и обещанием заполучить Святой Грааль, и столкновение становится неизбежным.
