История знакомит нас с юным старшеклассником по имени Рэн АмамиЯ, который становится свидетелем грубого нападения на девушку, проявившегося в виде домогательств. Рэн без колебаний кидается на нападавшего, защищая невинную ученицу, и им удаётся одержать победу в схватке. Но противник оказывается влиятельным политиком, что осложняет весь последующий ход событий: спасённая им девушка отказывается давать показания, а обвинение в хулиганстве в отношении Рэна звучит как приговор — год испытательного срока. Вынужденный переехать в Токио и сменить школу, он устраивается под конец в новый гимназический коллектив. В столице Рэн временно селится в кафе «Леблан» на чердаке, хозяином которого является давний друг его родителей. Уже в первый же день в городе он обнаруживает на своем смартфоне загадочное приложение. По дороге в школу Рэн встречает одноклассника Рюдзи Сакамото, и в их судьбе начинаются странные перемены: они попадают в загадочный мир «Чертог», где их преследуют непонятные силы и некий человек, похожий на учителя физкультуры, пытается их уничтожить. Вернувшись в реальный Токио, Рэн осознаёт, что он пробудил внутри себя силу под названием Персона. Теперь друзья намерены разобраться в происходящем и наказать того учителя, который поставил их на путь справедливости.
