Этот аниме-сериал, в отличие от своего 2006 года предшественника, разворачивает события по альтернативной дорожке одной и той же визуальной новеллы. В японском городе Фуюки каждые шесть десятилетий начинается жестокая битва за Святой Грааль — артефакт, способный исполнить любое желание победителя и кардинально изменить его судьбу. В турнире участвуют семь магов, каждый из которых призывает слугу — могущественную героическую душу прошлого или будущего, чтобы та сражалась на стороне своего хозяина. По мере развития войны дуэты магов и их слуг уничтожают соперников, пока не останется лишь один мастер с верной Слугой. Участие в схватке случайно приводит Сиро Эмия в контакт со Сэйбером, слугой, поставившей перед собой цель добраться до Грааля любой ценой. Однако герой не стремится к войне: в прошлом ему пришлось пережить потерю семьи и он боится повторения трагедии. Эмия начинает помогать Рин Тосака — амбициозной магине, учившейся в той же школе. Вскоре становится ясно, что правила Святаго Грааля вынуждают их рано или поздно столкнуться лицом к лицу, и их союз подвергается суровым испытаниям на пути к заветной цели.
