По завершении школьного турнира по Vanguard Кодзи Ибуки начинает видеть тревожные сны. Номэ Татсунаги просит Суйко призвать его в особняк, где выясняется, что юноша способен видеть Темную башню под названием «Санктуарий». Эта башня искажает временную линию на протяжении всей истории, и единственный путь всё исправить — сначала самому Кодзи нужно предотвратить будущую ошибку, которую он совершит. Теперь Кодзи и Суйко отправляются в параллельный мир «-if-» и наблюдают, как волшебницы Эми Сэндо и Сюка призывают юнитов Vanguard, чтобы помочь скорректировать ход событий. Но помощь от самих героев оказывается ограниченной — против реальных монстров, которые появляются в карточных поединках, бороться оказывается не слишком эффективно. По мере путешествия они сталкиваются с новыми угрозами и неожиданными союзниками, а время идёт быстрее, чем им хотелось бы. Оказывается, чтобы спасти будущее, нужно прежде распутать собственную ошибку и принять смелые решения, которые изменят исход истории.
