Аниме-адаптация к проекту Phantasy Star Online 2, охватывающая события первых трёх эпизодов оригинальной MMORPG и дополненная авторскими материалами для экранной версии. Группа выпускников военного спецподразделения ARKS отправляется на планету Набериус, чтобы пройти главный экзамен и проверить свои способности в условиях суровой реальности космических конфликтах. Во время миссии они сталкиваются с волной нападения со стороны странных и опасных существ, известных как даркеры, чья активность стремительно растёт. После крепкой обороны отряд вынужден отступать, и главному герою Эшу вместе с напарником Афином удаётся укрыться в диких лесах планеты. Там они встречают молодую девушку, утратившую память, и таинственного незнакомца, у которого есть собственные мотивы причинить вред памяти этой женщины. Протагонист начинает распутывать цепь тайн: почему даркеры становятся всё активнее, как связана амнезия девушки с этими событиями и какую скрытую цель скрывает основание самого подразделения ARKS. По мере разворачивания сюжета Эш сталкивается с выбором, который может повлиять на судьбу всего комплекса обороны галактики.
