В недалёком будущем большая часть суши оказалась под водой вслед за стремительным ростом мирового океана. Нацуки Икаруга вынужден жить на грани выживания, сталкиваясь с суровой реальностью разрушенного мира. Несколько лет назад он пережил тяжёлую утрату: мать погибла, а он остался без ноги, что добавило боли и ограничения в повседневной жизни. Единственным его наследством остаются старый корабль, батискаф и груз долгов, которые унаследовала бабушка — Нонко Ятигуса, профессор морской геологии. Чтобы рассчитаться с кредиторами, Нацуки отправляется к затонувшему сооружению, где по слухам она прятала ценные вещи и драгоценности. Но вместо сокровищ он обнаруживает капсулу, внутри которой дремлет робoт-гуманоид по имени Атри. После пробуждения Атри обещает помощь Нацуки как минимум до тех пор, пока не вспомнит последнее поручение, данный её прежней хозяйке. Так начинается их необычный союз, в котором память, долг и дружба переплетаются на фоне стремительно меняющегося мира и затонувших тайн.
