Еще одно произведение во вселенной Призрак в доспехах предлагает альтернативную трактовку появления Девятого отдела в составе японского МВД. Этот отдел занимается расследованиями, которые выходят за рамки возможностей обычной полиции. Майор Мотоко Кусанаги, чьё детство было отмечено множеством операций по кибернетизации тела и превращением её в полноценного киборга, начинает работу под руководством Дайсуке Арамаки, ведущего эксперта в миссиях спецподразделения, чтобы разобраться с взрывом. Однако к делу привлекают ещё одного сомнительного фигуранта — ветерана и бывшего рейнджера по имени Бато, чьи действия повлекли за собой волны насилия в Южной Америке — и детектива Тогуса. Так закладывается основа Девятого отдела. Вместе эти три человека обязаны противостоять террористам и восстановить порядок там, где обычная полиция бессильна.
