Прошло всего несколько недель с тех пор, как победа над Кэролом стала реальностью, но Хибики [立花 響] снова вынуждена выходить на поле боя. Она держится из последних сил против самого коварного противника, которого знает человечество — летнего домашнего задания, словно живого существа, которое не отпускает до конца каникул. Обещанный покой не наступает: над миром нависает новая, неизвестная опасность, угрожающая всем мирам и судьбам. Хибики ищет ответы и силы в себе, чтобы не допустить краха того, что она уже сумела защитить. Тем временем Цубаса [風鳴 翼] и Мария [マリア・カデンツァヴナ・イブ], расследуя Александрийский инцидент, сталкиваются с Баварскими Иллюминатами — элитой, чьи корни простираются к темной стороне каждого заговора, за которыми, как выясняется, стоит и Кэрол, и инцидент Фронтира. В погоне за их следами они отправляются в разрушенную войной южноамериканскую республику Вальверде. Там носители Мехасимфоний становятся свидетелями мощи, которой ранее никто не видел — силы, способной превзойти даже Бога и повернуть ход всей судьбы.
